tiistaina, joulukuuta 12, 2006

"Not enough" saa selityksen?

Aikaisemmin tänä vuonna ihmettelin eräässä blogauksessani Yhdysvalloissa Doverissa käydyn oikeudenkäynnin päätöslauselman erästä kohtaa. Kohdassa tuomari oli siteerannut älykkään suunnitelman ideaa tukevaa biokemisti Michael Beheä, mutta tavalla jota ei kuulustelupöytäkirjojen mukaan Behe ollut lainkaan lausunut. Kuulustelupöytäkirjan mukaan Behe oli nimittäin sanonut täsmälleen päinvastoin.

Ihmettelin aikoinaan asiantilaa, sillä kyse oli ensimmäisestä kerrasta, jolloin olen nähnyt oikeudenkäynnin päätösasiakirjassa siteeratun jonkun todistajan lausuntoa tavalla, jossa tämän suuhun on laitettu täsmälleen päinvastainen virke, kuin mitä tämä kuulustelupöytäkirjojen mukaan sanoi. Samaisesta syystä näin aiheen aikoinaan blogaamisen arvoiseksi.

Nyt kuitenkin on mahdollisesti löytynyt selitys kyseiselle merkilliselle sitaatille. John West ja David DeWolf ovat tehneet tutkimuksen kyseisen päätösasiakirjan "luonnontiedeosuuden", sekä oikeudenkäynnin toisen osapuolen (ACLU:n) erään dokumentin yhtäläisyyksistä. Westin ja DeWolfin Discovery-instituutille tekemän tutkimuksen mukaan peräti 5458 sanaa tuomarin laatiman osion 6004:sta sanasta on samoja, kuin ACLU:n asiakirjan vastaavassa osiossa. Tutkimus on luettavissa täällä, missä voi myös tehdä vertailua asiakirjojen yhtäläisyyksistä, sillä molempien asiakirjojen tekstejä esitetään rinnakkain. Tuomareilla on USA:ssa oikeus käyttää päätöstään tehdessään oikeudenkäynnin osapuolten tekemiä "löydös"-asiakirjoja, enkä siis väitä kyseisen kaltaisen toiminnan olevan sinänsä esim. laitonta. Olen kiinnostunut sen sijaan nyt tapahtuneen toiminnan eräästä seurauksesta. Westin ja DeWolfin havaintojen mukaan nimittäin jopa eräät ACLU:n asiakirjan virheet ovat tulleet kopioiduiksi tuomarin päätöslauselmaan.

Kiinnitän huomion nyt vain tähän yhteen jo aiemmin esillä olleeseen virheeseen, ja siteeraan siihen liittyvät vertailut.

Behen lausunto oikeudenkäynnissä kuului:

These articles are excellent articles I assume. However, they do not address the question that I am posing. So it’s not that they aren't good enough. It’s simply that they are addressed to a different subject.
(lihavointeja ei alkuperäisessä lausunnossa ole, vaan ne ovat minun lisäämiäni)
ACLU:n asiakirjassa lukee:
He [Behe] was confronted with the fifty-eight peer-reviewed publications, nine books and several immunology text-book chapters about the evolution of the immune system, P256, 280, 281, 283, 747, 748, 755 and 743, and he insisted that this was still not sufficient evidence of evolution - it was "not good enough.
Jota voi verrata tuomari Jonesin päätöslauselmaan:
He [Behe] was presented with fifty-eight peer-reviewed publications, nine books, and several immunology textbook chapters about the evolution of the immune system; however, he simply insisted that this was still not sufficient evidence of evolution, and that it was not “good enough.”
Westin ja DeWolfin antama selitys sille, miksi kyseinen virhe on päätynyt oikeudenkäynnin päätökseen kuulostaa uskottavalta: kohta on alun perin peräisin toisesta asiakirjasta, josta tuomari Jones on kohdan "omaan" päätökseensä kopioinut. Selitystä ei kuitenkaan saa se, miksi tuomari Jones ei ilmeisesti ole edes tarkistanut ainakaan tämän väitteen paikkansapitävyyttä, eikä huomannut, että kyseinen sitaatti ei edes ollut Michael Behen lausuma, vaan oikeudenkäynnin toisen osapuolen Behen suuhun keksimä.

Päivitetty: 20.12.2006

10 kommenttia:

Anonyymi kirjoitti...

Mitäs tämä tarkoittaa?

Q. You were asked some questions about the immunity system, and Mr. Rothschild gave you some books and articles and piled some papers on top of you. Do you remember that?

A. I do remember that, yes.

Q. And you claim that you didn't find these examples all that persuasive, correct?

A. That's right.

Eikö Behe tuossa käytännössä sano, että todisteet eivät ole tarpeeksi hyviä?

analyysi kirjoitti...

Kohdassa Beheltä kysytään, että onko niin, että esitetyt esimerkit eivät ole vakuuttaneet. Ja Behe vastaa myöntävästi.

Behen positio oli se, että hän näki esitettyjen tekstien käsittelevän eri aihetta.

Siteeramasi kohta jatkuu:

Q. And you stated because you didn't believe they provided the detailed rigorous answers to how the immunity system can arise by random mutation and natural selection, is that a fair characterization?

A. Yes, that's right


Oikeudenkäynnin päätösasiakirjassa puolestaan Behen esitettiin väittäneen, että esitetyt tekstit eivät ole "good enough", vaikka Behe kyseisen väitteen nimenomaan kuulusteluissa torjui. Behe korosti kuulusteluissa sitä, että hän ei ole lukenut kyseisiä tekstejä. Kun sitten siitä huolimatta, että hän ei (eikä myöskään tuomari) ollut kyseisiä tekstejä lukenut, hänet velvoitettiin kuitenkin ottamaan kantaa tekstien sisältöön. Oikeudenkäynnissä ei osoitettu Behen otaksumaa siitä, että tekstit käsittelevät eri aihetta, vääräksi. Itse asiassa kyseisistä teksteistä ei siteerattu oikeudenkäynnissä sanaakaan. Oikeudenkäynnissä ei siis mitenkään osoitettu, että viitatut tekstit todella olisivat sisältäneet selityksen immuunisysteemin synnylle satunnaisten mutaatioiden ja luonnonvalinnan kautta.

Oikeudenkäynnin päätösasiakirjasta saa kuitenkin käsityksen, että a) mainitut artikkelit ja kirjat olisivat käsitelleet puheena ollutta aihetta ja b) että Behe olisi väittänyt, että hänen mukaansa artikkelien ja kirjojen määrä ei ole ollut riittävä.

Toistan vielä:
Erikoista on se, mistä jo aiemmin mainitsin: Beheä tähän liittyen jopa siteerattiin lainausmerkkejä käyttäen kuulustelijan sanoja, joista Behe nimenomaan kuulustelupöytäkirjan mukaan sanoutui irti, ja joita Behe ei siten ollut edes itse lausunut.

Anonyymi kirjoitti...

Beheä eivät vakuuttaneet esitetyt tekstit, eli ne eivät olleet hänen mielestään tarpeeksi hyviä(vaikka ei edes ollut lukenut niitä). Eli kaveri, joka tulee oiketeen väittämään että tieteellisessä kirjallisuudessa ei ole vastausta immuunisysteemin kehittymiselle, ei itse asiassa olekaan tutustunut alan tieteelliseen kirjallisuuteen. Aika noloa.

Tässä on lista Behelle oikeudenkäynnissä esitetyistä teksteistä kommenttien kera. Jokainen voi todeta, että ne todellakin käsittelivät samaa aihetta eli immuunisysteemiä ja sen evoluutiota. Ja Kenneth Miller käytti oikeudenkäynnissä osaa noista teksteistä.

analyysi kirjoitti...

Hei, anonyymi kirjoittaja!

Kuten yltä kävi jo ilmi, puheen alla ollut aihe oli seuraava:

"detailed rigorous answers to how the immunity system can arise by random mutation and natural selection "

Kertoisitko, kuinka moni linkistäsi löytyvistä teksteistä käsittelee (siis Doverissa puheen alla ollutta aihetta, eli) sitä, miten immuunisysteemi kehittyy (tai miten se on mahdollista kehittää) satunnaisten mutaatioiden ja luonnonvalinnan yhteisvaikutuksella?

(Jos edes jokin teksteistä käsittelee kyseistä aihetta, voisitko esittää tiivistelmän siitä, mitä lähteessä sanotaan immuunisysteemin kehittämisestä satunnaisten mutaatioiden ja luonnonvalinnan avulla, sekä esittää aiheeseen mielestäsi olennaisimmin liittyvät tekstipätkät kyseisistä teksteistä?
Tämän pyynnön esitän, jotta minäkin saisin tietää, mitä lähteissä aiheesta on todellisuudessa kirjoitettu. En itse ole kaikkia lähteitä lukenut, mutta niistä, joita olen joskus lukaissut, en (muistaakseni) ole löytänyt tietoa, miten immuunisysteemi saadaan syntymään satunnaisten mutaatioiden ja luonnonvalinnan yhteisvaikutuksella.)

*****

Mitä tulee väitteeseesi siitä, että Behe ei olisi (lainkaan) tutustunut alan tieteelliseen kirjallisuuteen, niin väitteesi on selkeästi virheellinen. Behe on tutustunut alan tieteelliseen kirjallisuuteen, mikä käy ilmi mm. hänen tutkimuksiin tekemistään viittauksista.

Kukaan ihminen ei taida tuntea laajojen tieteenalojen kaikkia tutkimuksia. Sitä varten tieteenaloilla tavataan tehdä eräänlaisisa "kokooma-artikkeleita", ja kirjoja. Behe on kertonut seuraavansa tutkimuksen edistymistä juuri mm. kokooma-artikkeleiden pohjalta. Pysyäkseen jollain tavoin kärryillä jonkin alan tutkimuksen etenemisestä ei onneksi tarvitse erikseen lukea ja tuntea jokaista alalla tehtyä tutkimusta.

Anonyymi kirjoitti...

Tässä tutkimuksia aina vuoteen 1998 asti, joissa käsitellään mekanismeja, joiden kautta immuunijärjestelmän oletetaan kehittyneen:

Warr, G. W. and Cohen, N., eds. (1991). Phylogenesis of Immune Functions. Boca Raton, CRC Press.:

In chapter 14, "Mechanisms of Molecular Evolution in the Immunoglobulin Superfamily," (pp. 295-316), Warr & Dover write:
"Duplications, or much higher order multiplications, are obvious in the Ig family" (p. 305).
Figure 4 of this article gives a "Hypothetical scheme for the evolution of Ig genes" (p. 304). The model is pre-transposon hypothesis.


Dreyfus, D. H. (1992). "Evidence suggesting an evolutionary relationship between transposable elements and immune system recombination sequences." Molecular Immunology 29(6): 807-810.:

"Sakano et al. (1979) have previously proposed that the vertebrate somatic recombination pathway evolved via the insertion of a transposable element into an ancestral gene encoding an antigen binding molecule, thus accounting for the simultaneous appearance of separated gene segments and a recombination mechanism for their reassembly." (p. 807)


Bartl, S., Baltimore, D. and Weissman, I. L. (1994). "Molecular evolution of the vertebrate immune system." Proceedings of the National Academy of Sciences 91(23): 10769-10770.:

This is a short (2 pages) review article. In his 1996 book Darwin's Black Box, Behe critiqued it for vagueness, but even in 1996 there were longer review articles available (e.g. Thompson 1995), and despite the shortness, the basic ideas proposed in this article and elsewhere have been dramatically confirmed in the subsequent decade, as detailed in our 2006 Nature Immunology essay.

The last sentences of Bartl et al. (1994):
"It is possible that the ancestors of RAG genes may have been horizontally transferred into a metazoan lineage at some relatively recent point in evolution. The newly introduced RAG genes may have acted, most likely with other proteins, on preexisting recombination signals (which consists of conserved heptamer and nonamer sequences) that may have been present for some other function or by random chance. In that view, the signal sequences captured the ancestors of present day TCR and immunoglobulin gene segments. Such a scenario is highly speculative but if true would imply a startling role for horizontal information transfer as the pivotal event in the evolution of vertebrate immunity." (p. 10770)


Hoffman, J. A., Janeway, C. A. and Natori, S., eds. (1994). Phylogenetic Perspectives in Immunity: The Insect Host Defense. Austin, R. G. Landes Company.:

Chapter 11, by Eric H. Davidson, "Stepwise Evolution of Major Functional Systems in Vertebrates, Including the Immune System" (pp. 133-142).


Stewart, J. (1994). The Primordial VRM System and the Evolution of Vertebrate Immunity. Austin, R. G. Landes.:

The book emphasizes duplication and exaptation (e.g., see exaptation reference on p. 10: "redeployment" of single-cell feeding ability ("phagocytosis") to immune system function in multicellular animals)


Hughes, A. L. and Yeager, M. (1997). "Molecular evolution of the vertebrate immune system." BioEssays 19(9): 777-786:

Review of the evolution of several key pieces of the immune system (e.g., C3 and the other complement proteins, MHC, RAG & immunoglobulins, etc.), with a focus on the evolutionary mechanisms involved, e.g. various forms of gene duplication vs. block duplication.


Schluter, S. F., Bernstein, R. M. and Marchalonis, J. J. (1997). "Molecular origins and evolution of immunoglobulin heavy-chain genes of jawed vertebrates." Immunology Today 18(11): 543-549.:

From the evidence discussed above, a model for the evolutionary origins of VH and Ig isotypes is presented in Fig. 4. As originally proposed, the V and C domains arose by duplication of a primordial Ig domain3,13. The C domains duplicated and evolved independently to form the primordial prototype H-chain isotype." (p. 548)


Agrawal, A., Eastman, Q. M. and Schatz, D. G. (1998). "Transposition mediated by RAG1 and RAG2 and its implications for the evolution of the immune system." Nature 394(6695): 744-751:

"Our results are evidence in favour of the theory that a vital event in the evolution of the antigen-specific immune system was the insertion of a 'RAG transposon' into the germ line of a vertebrate ancestor14,41." (p. 750)


Plasterk, R. (1998). "Ragtime jumping." Nature 394(6695): 718-719.:

"Transposons are generally considered the ultimate forms of selfish DNA -- a single gene (or sometimes a set of two or three genes) that spreads simply because it ensures its own replication. Indeed, the ability of transposons to encode one or more proteins that selectively replicate the transposon is enough to explain their existence..."

Luovutan suosiolla, jos väität esitettyjen mutaatioiden olevan älykkään suunnittelun tulosta.

Anonyymi kirjoitti...


Kertoisitko, kuinka moni linkistäsi löytyvistä teksteistä käsittelee (siis Doverissa puheen alla ollutta aihetta, eli) sitä, miten immuunisysteemi kehittyy (tai miten se on mahdollista kehittää) satunnaisten mutaatioiden ja luonnonvalinnan yhteisvaikutuksella?


Kaikki, enemmän tai vähemmän suoralla tavalla. Lue se linkkini, jossa on kommentoitu oikeudenkäynnissä esiin tuotuja tekstejä.


(Jos edes jokin teksteistä käsittelee kyseistä aihetta, voisitko esittää tiivistelmän siitä, mitä lähteessä sanotaan immuunisysteemin kehittämisestä satunnaisten mutaatioiden ja luonnonvalinnan avulla, sekä esittää aiheeseen mielestäsi olennaisimmin liittyvät tekstipätkät kyseisistä teksteistä?
Tämän pyynnön esitän, jotta minäkin saisin tietää, mitä lähteissä aiheesta on todellisuudessa kirjoitettu. En itse ole kaikkia lähteitä lukenut, mutta niistä, joita olen joskus lukaissut, en (muistaakseni) ole löytänyt tietoa, miten immuunisysteemi saadaan syntymään satunnaisten mutaatioiden ja luonnonvalinnan yhteisvaikutuksella.)


Tässä hyvä lähde, jossa selitetty immuunijärjestelmän evoluutiota.



Kukaan ihminen ei taida tuntea laajojen tieteenalojen kaikkia tutkimuksia. Sitä varten tieteenaloilla tavataan tehdä eräänlaisisa "kokooma-artikkeleita", ja kirjoja. Behe on kertonut seuraavansa tutkimuksen edistymistä juuri mm. kokooma-artikkeleiden pohjalta. Pysyäkseen jollain tavoin kärryillä jonkin alan tutkimuksen etenemisestä ei onneksi tarvitse erikseen lukea ja tuntea jokaista alalla tehtyä tutkimusta.

Oikeudessa esitetyt paperit olivat pääasiassa nimenomaan kokooma-artikkeleita:

"This bibliography also focused on the review literature rather than the research literature. First, the research literature is mostly opaque to nonspecialists, and the implications of findings are made much clearer in the review literature. Second, at his deposition, Michael Behe expressed the opinion that if scientists had made any progress worth talking about in evolutionary immunology, he would have expected to see it in the review literature. A few of the most famous research articles were included, but most of the articles are articles reviewing the research literature -- many of the review articles cite several hundred other articles."

Toinen anonyymi kirjoitti...

Tuolla sivulla on näemmä kommentoitu tätä asiaa äskettäin: http://paholaisen-asianajaja.blogspot.com/2006/12/discovery-instituutin-viimeisin.html

"Dispatched from the Culture Wars -blogissa Ed Brayton selittää yksityiskohtaisesti mikä kaikki heidän esittämissä väitteissä mättää.

1) Käytäntö (raporttien kopioiminen) on yleistä ja hyväksyttyä oikeussalidraaman keskellä

2) Jonesin (tai siis ACLU:n) esittämiä asioita ei voi vääntää kovin monella eri tavalla, joten tietenkin ne muistuttavat toisiaan

3) Brayton selittää miksi ACLU:n raportti ei sisällä ID:n kannalta virheellisiä väittämiä."

Advocatus Diaboli kirjoitti...

Brayton ei tosin kerro kantaansa tuohen Behen kommenttiin, mutta mielestäni se on muutenkin pilkun viilausta. Pääpointtina on se, että Behen mielestä ei missään ei vieläkään ole tarpeeksi yksityiskohtaisia selityksiä IC-systeemien kehitykselle.

analyysi kirjoitti...
Kirjoittaja on poistanut tämän kommentin.
analyysi kirjoitti...

Toiselle anonyymille ja AD:lle:

1) En ole väittänyt, että kopioiminen olisi tuomareilta päätöslauselmia tehtäessä kiellettyä. Tätä asiantilaa jopa korostin omassa postauksessani.

2) Samasta asiasta voidaan kirjoittaa varsin monella tavalla. Tämän näkee esim. lukiessa sanomalehtiä: X kappaletta samassa tilaisuudessa läsnä ollutta toimittajaa eivät kirjoita kaikki identtisiä artikkeleita, vaan he kirjoittavat usein hyvinkin erilaisia kuvauksia tilanteesta. Joskus lukiessa kahta eri toimittajan kirjoittamaa versiota samasta tilaisuudesta herää jopa mieleen sellainen kysymys, ovatko toimittajat olleet edes samassa tilaisuudessa, kun korostukset ovat niin erilaisia.

3) Behen positio on nähdäkseni aika lailla sellainen, kuin esim. filosofi Jeffrey Koperski on sitä artikkelissaan vuonna 2003 kuvannut:

"Behe goes on to suggest another explanation: design. Irreducibly complex structures have the look and feel of the “purposefully arranged” objects we normally call “machines.” He does not deny that mutation, natural selection, and even common ancestry have a part to play in the grand evolutionary scheme. He does deny that these undirected components of evolution are sufficient in themselves to explain the sorts of things biochemists have directly observed. In one way or another, design, purpose, and teleology must be allowed to return from scientific exile."

Behe oli aikoinaan darwinilaisen evoluution kannattaja. Sittemmin hän luopui uskostaan darwinismin kaiken kattavaan selityskykyyn. Behe kuitenkin on senkin jälkeen kannattanut mm. teoriaa yhteisestä polveutumisesta, ja omaa samaisen position käsittääkseni yhä. Oma käsitykseni Behen positiosta immuunisysteemin suhteen on se, että Behe katsoisi, että immuunisysteemi on kehittynyt/kehitetty jostain sitä edeltäneistä muodoista, mutta ei darwinilaisella, vaan tarkoituksellisella mekanismilla. Tähän liittyen hän käyttää käsitettä "design".

Samaisesta syystä Behe edellyttää ilmeisesti sitä, että artikkelien pitäisi - ei osoittaa, että immuunisysteemi on voinut jotenkin kehittyä, sillä siihen hän itsekin uskoo - vaan kertovan siitä, miten se olisi kehittynyt nimenomaan darwinilaisella mekanismilla (satunnaiset mutaatiot+tulevaisuuden suhteen sokea luonnonvalinta).